在多细胞生物中，Piwi相关的Argonaute蛋白被认为与维持生殖细胞自我更新有关，并且和一类小型RNA—piRNA相互作用。Piwi蛋白对于果蝇、斑马鱼以及小鼠的生殖细胞正常发育是必需的。piRNA在基因组当中定位与众不同，长度大约为24-30个核苷酸，在哺乳动物的睾丸中表达，并且在精子发育过程中起着重要的生理调节作用。

在2008年7月11日出版的《分子细胞》（Molecular Cell）中，两个研究小组分别发表文章称，他们发现一种被称为21U-RNA的21核苷长度RNA事实上在秀丽隐杆线虫（C. elegans）中属于piRNA。

来自美国的Batista等科学家发表文章称，他们发现21U-RNA在线虫生殖细胞中表达，并且与线虫的Piwi蛋白家族成员PRG-1相互作用。此外研究人员还发现，21U-RNA的聚集依赖于PRG-1的活性。PRG-1蛋白在整个发育过程中持续表达，该蛋白定位于线虫的P颗粒处。尽管21U-RNA位点存在一个保守上游调节序列基元（conserved upstream sequence motif），成熟的21U-RNA并不保守，并且在某些情况下会无法表现出直接调节其它表达序列的迹象。因此，以上发现证实21U-RNA是线虫的piRNA，而且这类小RNA以及相应的Piwi Argonaute蛋白与温度相关的生殖力维持相关。

在另一篇文章中，来自英国、德国和荷兰的一组科学家则表示，他们同样认为，之前发现的21U-RNA事实上就是线虫的piRNA。此外，Piwi以及piRNA的表达仅限于雄性和雌性的生殖细胞，并且独立于其它多种小RNA途径中的蛋白，其中包括DCR-1。研究小组还发现，Piwi对于Tc3基因的沉默是必需的，但对于其它Tc/mariner DNA转位子则并不重要。与野生型相比，Piwi变异型线虫的生殖细胞中Tc3去除率增加了至少100倍。科学家证实Piwi在Tc3沉默中起到内生siRNA途径上游的作用。因此以上结果显示，在piRNA和siRNA功能之间存在联系。