动物消化道内存在着大量的微生物，在长期进化过程中与宿主动物协同进化而具有许多重要功能，其中参与宿主消化道物质代谢与能量代谢是其最重要的功能之一。因此，消化道微生物群落结构的稳定，对于宿主营养物质的消化与吸收有重要作用。草鱼是全球淡水养殖产量最大的一个品种，2009年草鱼养殖产量占我国淡水养殖总产量的21.4%，但迄今为止，尚缺乏对于草鱼肠道微生物的深入研究。

近年来，中国科学院水生生物研究所王桂堂研究员学科组在“973”项目“淡水池塘集约化养殖的基础科学问题研究”的支持下，对草鱼消化道微生物开展了一系列研究工作。研究发现，草鱼肠道存在核心的微生物区系，潜在的病原菌和益生菌都是草鱼肠道区系的重要成员；消化道中有许多对食物消化起重要作用的纤维素降解细菌；底泥和水体中的微生物会最终影响肠道微生物群落结构，而食物中的细菌能够快速改变肠道微生物区系；生长发育差异显著的草鱼其消化道微生物存在明显差异。进一步的培养实验发现，潜在的病原菌——气单胞菌属的种类恰恰又是消化道纤维素食物降解的重要类群之一。

该研究工作主要由吴山功副研究员等人完成，部分研究成果已经在《公共科学图书馆—综合》（PLoS ONE）发表。