研究人员在11月在线出版的《自然—遗传学》期刊上报告，利用全基因组测序法，他们追踪了一种细菌病原体洋葱伯克霍尔德菌在肺囊性纤维化患者中爆发的演化情况。新研究为高通量测序技术在临床流行病设置的应用方面树立了一个榜样，也为研究致病菌在感染宿主期间其基因组的演化提供了新观点。

洋葱伯克霍尔德菌在肺囊性纤维化患者中的爆发会导致肺炎。Roy Kishony和同事合作，追踪了20世纪90年代期间波士顿一家医院中洋葱伯克霍尔德菌感染爆发的历史。他们对采集自这次爆发中的14位患者的洋葱伯克霍尔德菌进行了全基因组测序，其中有112个菌株是在16年的时间中分别采集的。他们实施了演化和流行病学的分析，并能推断病菌在这些患者中的传输网络。他们进一步鉴别出17个目标选择基因，认为它们在洋葱伯克霍尔德菌在人类宿主中的致病性和适应性的形成过程中发挥了作用。