德国国家疾病控制中心罗伯特·科赫研究所等多家机构6月10日在柏林表示，他们已确认豆芽等芽苗菜是造成此次肠出血性大肠杆菌（EHEC）疫情的源头。当局同时宣布，生吃黄瓜、西红柿和生菜是安全的。罗伯特·科赫研究所所长布格尔当天在德国疾病控制、卫生检疫等多个部门联合举行的新闻发布会上说，这一结果基于100多名在某餐厅就餐的顾客的跟踪调查。他们发现，这些顾客中感染肠出血性大肠杆菌的患者都吃了带有生芽苗菜的食物，食用芽苗菜者患病的几率是未食用者的9倍。
德国卫生部长巴尔和消费者保护部部长艾格纳当天对这一进展感到高兴，认为这对消费者来说是个好消息。巴尔说，可以不必再坚持此前发出的在德国北部不要生吃黄瓜、西红柿和生菜的建议。
越来越多的证据显示，下萨克森州比嫩比尔特的一家农场生产的芽苗菜是这次疫情传染源头。这家农场已经完全查封。有关机构表示，正在检查其他生产芽苗菜的农场。但迄今，调查人员还没有从任何食物样本中找到病原体——肠出血性大肠杆菌0104:H4，包括在这家农场以及饭馆、患者家的厨房获取的样本。
布格尔说，尽管此次肠出血性大肠杆菌疫情还未结束，但新感染患者数量已经逐渐减少。他认为，这是被污染的食物已消耗完了的缘故。
这轮大肠杆菌疫情暴发之初，德国卫生部门曾怀疑产自西班牙的黄瓜是疫情源头。欧洲多国随即发布对西班牙蔬菜和水果的进口禁令，招致西班牙方面的强烈抗议。德国政府随后承认判断有误。