微生物在生态系统中处于还原者的地位。微生物在自然界的物质循环和能量循环中有很重要的作用。由于微生物的存在，才使动植物的尸体可以分解成无机盐，回到大自然被生物重新利用。有些微生物能固氮，很多微生物能生产抗菌素，利用微生物发酵能为人类生产有用的物质，但人类滥用抗生素也使致病微生物的耐药性提高，严重威胁着其他生物的健康。