中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室多年来一直从事流感病毒病原学、免疫学及跨种间传播机制方面的研究，近期在猪流感病原学研究方面取得新进展。发现我国猪群没有H5N1的感染，但H3N2，H1N1，H9N2的感染是存在的，而且近年来人流感病毒和猪流感病毒在猪体中的重排现象有所增加。结果分别发表在《人兽共患病学和公共卫生》（Zoonoses and Public Health）（2009,doi: 10.1111/j.1863-2378.2009.01270.x）和《临床病毒学期刊》（Journal of Clinical Virology (2009,44:141-144)）。

猪是流感病毒跨种间传播的中间宿主。20世纪暴发的3次人类大流感都与猪流感密切相关，其流行株都经过猪体内基因重排或突变。此次墨西哥流感的流行毒株是由猪流感、人流感和禽流感三种流感病毒的基因片段经基因重排而得到的新型变异毒株，猪在此变异毒株的形成过程中极有可能发挥了重要的中间宿主的作用。

实验室分别对2004年和2007年福建省9个地区的养猪场进行了血清学监测，在1407份血清中，没有检测到H5N1亚型阳性抗体，说明H5N1病毒并没有在猪群广泛传播，只是在一些地区有偶然感染事件发生。福建地区猪群感染H1和H3亚型流感病毒非常普遍，H1阳性率为47%，H3阳性率为28%，其中H1占绝对优势，连续两年的阳性率都在50%左右。此外，H9阳性率虽然不高，但考虑其重要的公共卫生意义，其流行情况仍值得关注。

H3N2亚型流感病毒主要存在于人群和猪群中，自1968年以来在全世界范围内广泛流行。实验室成功分离到5株H3N2亚型人流感病毒和4株H3N2亚型猪流感病毒，这9个毒株均于2005年分离自我国广东省。为了确定同一时期同一地区H3N2亚型人流感病毒和猪流感病毒的遗传相关性，将这些毒株的全基因组序列进行了全面分析。5株H3N2亚型人流感病毒的各基因片段均来源于同期的H3N2亚型人流感病毒，而4株H3N2亚型猪流感病毒除个别毒株的个别基因外，均来源于前期的H3N2亚型人流感病毒。猪体中未分离到同期的H3亚型人流感毒株。以上结果表明猪流感病毒比人流感病毒进化要慢一些，这可能是因为猪的生长周期有限，其所受的免疫选择压力远远小于人所受的免疫选择压力，而且人流感病毒在猪体中需要有一个很长的适应过程。另外，4株猪流感病毒中有2株发生了基因重排，表明近年来流感病毒在猪体中的重排现象有所增加。其中1株猪流感病毒的M和NS基因来源于H1N1亚型猪流感病毒，HA、NA及其他基因均来源于前期的H3N2亚型人流感病毒。另1株猪流感病毒的PA基因来源于H1N1亚型猪流感病毒，其他基因来源于前期的H3N2亚型人流感病毒。表明人和猪的密切接触将导致流感病毒的跨种间传播并产生新基因型的重组流感毒株，这对于人类健康无疑是一个很大的威胁。

以上研究表明我国猪群中猪流感病毒日趋复杂，迫切需要建立长期有效的病原学监测体系，以掌握猪流感病毒的流行和遗传变异情况。该研究为我国建立科学而有效的疾病预警体系奠定了重要的理论基础。实验室将建立长期的病原监测体系，并建立我国人群和猪群对墨西哥流行毒株易感性的免疫学评估体系。